XVII век. Европа. Странствуя по свету, юноша Крабат обнаруживает старую мельницу на берегу Черной Реки. Здесь живут таинственный Мастер и его подмастерья-мальчишки. Крабат решает остаться с ними. Слишком поздно он понимает, что мельница заколдована, а Мастер – настоящий черный маг…

Крабат случайно попадает на мельницу в Козельбрухе. Об этой мельнице в округе говорят, что там нечисто. Шесть ее жерновов мелют день за днем ячмень, овес и пшеницу, но местные крестьяне обходят ее стороной. Единственный посетитель мельницы — таинственный Незнакомец в черном, с петушиным пером, свет которого озаряет мельницу. Мастер называет Незнакомца Господином и боится его. Каждое полнолуние он прибывает на мельницу на тяжелой повозке, чтобы молоть нечто (в отличие от фильма Крабат. Ученик колдуна, в повести не указывается что именно), на седьмом, «мертвом» (обычно не используемом) жернове.

Сама мельница оказывается школой чернокнижия, где одноглазый Мастер преподает тайную науку своим двенадцати подмастерьям. О цели, которую преследуют Мастер и Незнакомец, устроив школу, не говорится. Каждую новогоднюю ночь один из двенадцати парней должен погибнуть, чтобы продлить жизнь Мастеру, таков его договор с Незнакомцем. На место умершего Мастер приводит новичка. В процессе сложных взаимоотношений Мастера со своими подопечными раз в год его выбор неизменно падает на одного из них: так были лишены жизни сначала Тонда, после — Михал. Каждый из них сам вырыл себе могилу, их похоронили на пустоши.

В канун каждой Пасхи парни приносят Мастеру клятву на верность, череда одинаковых событий повторяется из года в год. Честолюбивый Мастер вхож к самому курфюрсту Саксонскому и лелеет мечту стать влиятельным министром, маршалом или канцлером при польской короне, жить в богатстве и почете.

Убежать с мельницы в Козельбрухе невозможно, беглец неизменно возвращается к ней, его пути околдованы Мастером.

Существует только один путь положить конец всему. Один-единственный! Если есть девушка, которая тебя любит, и если она попросит Мастера тебя отпустить и сможет выдержать испытание…

Еще в первый год на мельнице Крабат полюбил девушку Певунью из Щварцкольма. Однако Мастер погубил сначала Воршулу, девушку Тонды, опасаясь губительной для него любви молодых людей, и теперь приходит очередь Крабата и Певуньи. Мастеру достаточно узнать имя девушки, чтобы погубить ее силой колдовства.

Крабат со временем преуспевает в тайной науке, и с помощью Юро овладевает умением противостоять воле Мастера.

В последний день третьего года на мельнице, после того, как Крабат отказался стать преемником Мастера в школе и уже вырыл сам себе могилу на пустоши, Певунья является к Мастеру, и просит отдать ей её парня. Она проходит назначенное испытание, с завязанными глазами узнает Крабата среди остальных подмастерьев, чувствуя его страх за нее. Мастер не доживёт до полуночи, мельница вот-вот должна рухнуть в пламени, Крабат и подмастерья спасены: они уходят с мельницы, оковы Мастера разрушены, парни утрачивают способность колдовать.